Terve puolustusjärjestelmä eli immuunijärjestelmä suojaa elimistöä haitallisilta aineilta, bakteereilta ja viruksilta. Joskus immuunijärjestelmään voi tulla toimintahäiriö, ja se hyökkää elimistön omien terveiden kudosten ja elinten kimppuun.
HS-tautia sairastavalla immuunijärjestelmästä vapautuu aineita, joita kutsutaan sytokiineiksi tai tulehdusproteiineiksi. Nämä vahingoittavat karvatuppia ja hikirauhasia. Tämä aiheuttaa talin, hien ja bakteerien kertymistä niin, että muodostuu paiseita, jotka tulehtuvat ja arpeutuvat herkästi.
Vaikeissa tapauksissa paiseet voivat yhdistyä ihon alla ja muodostaa vuotavia onteloita. Nämä voivat muuttua arpikudokseksi, joka ei ole yhtä joustavaa kuin terve kudos, vaan voi aiheuttaa myös ongelmia, kuten ihon ja lihasten kiristystä, joka voi vaikeuttaa normaalia liikkumista.