Antibiootit tappavat bakteereja ja estävät infektioita leviämästä, mutta ne voivat myös hillitä immuunijärjestelmän toimintaa ja siten vähentää HS-taudin oireita. HS-taudin hoidossa saatetaan käyttää lääkärin määräyksestä antibiotteja pitkinä kuureina.
Lääkäri voi määrätä antibiootteja joko paikallisena tai systeemisenä hoitona: antibioottia voidaan levittää suoraan iholle (paikallisesti annettavat antibiootit) tai ottaa suun kautta tabletteina (systeemiset antibiootit).